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注册公司的代理公司注销的步骤如下。
1、召开公司股东会，形成清算决议，决议包括清算组成立、清算组成员构成、清算目的等。
2、在工商部门认可的报纸上发布注销公告，内容包括注销原因等，公告发布后，需要等待一段时间以便债权人提出异议，公告期满无异议后，可进行下一步操作。
3、制作清算报告并提交给股东会或相关机构确认，清算报告内容包括公司概况、注销原因、债权债务情况等，清算报告确认后，可以申请办理公司注销手续。
4、办理公司税务注销登记手续，包括税务注销登记申请表、税务登记证等税务相关材料，办理公司工商注销登记手续，包括提交相关文件和证件等，注销税务和工商登记后，代理公司正式关闭。
步骤可能因地区和公司具体情况而异，建议咨询当地相关部门或专业律师以获取准确信息，如果代理公司在注销过程中涉及违法行为或有未履行的义务，可能需要承担相应的法律责任。